К началу XX века монастырь полностью отстроился, но процветал недолго: 16 сентября 1918 года на заседании Уездного Исполнительного комитета был принят проект национализации Никольского монастыря, предусматривающий экспроприацию гостиницы, всего имущества, продовольствия, животных, продуктов питания.
– Последний настоятель обители архимандрит Илия по приказанию властей сделал опись монастырского имущества, из которой следовало, что монастырь владел богатейшим архивом и библиотекой, – рассказывают в монастыре. – В настоящее время их судьба неизвестна. Бесследно пропали грамоты и акты XVII века, копии духовных завещаний, ценнейшие иконы, ризница, церковные сосуды и многое другое. Постепенно было разграблено имущество монастыря, все постройки к 1926 году пришли в аварийное состояние. В середине 20-х годов обитель покинули последние монахи, а архимандрит Илия в 1948 году недалеко от монастыря – в ограде Покровской церкви в деревне Карижа – нашел место своего последнего упокоения.